上海科技大学目前共设5个学院：
* 物质科学与技术学院
* 生命科学与技术学院
* 信息科学与技术学院
* 创业与管理学院
* 创意与艺术学院
招生专业有：
* 物质学院：
- 物理学
- 化学
- 材料科学与工程
* 生命学院：
- 生物科学
- 生物医学工程
* 信息学院：
- 电子信息工程
- 计算机科学与技术
入校后，上述三个学院的在读本科生有一次转专业机会。
入学后在高年级可申请就读创管学院辅修专业：创新与创业、金融学、工商管理。
（转专业与辅修专业申请可能有最低GPA限制）